藤内研究室では、結晶をはじめとする様々な状態での分子集合を研究テーマとし、超分子化学、結晶工学(クリスタルエンジニアリング)、有機化学、光化学、物理化学、材料科学など多面的にこの主題に取り組んでいます。

ナノの世界では原子・分子が自然に集まって形を作ろうとしています。その摂理によって生み出されたものの中で、もっとも美しいものが結晶です。藤内研究室ではこのような原子・分子が「自然と集合する性質（自己集合・自己組織化）」と「集合する時に相手を見分ける性質」を利用して、結晶中での原子・分子の配列を制御しようとしています。自然と集合するときに働く力を「分子間力」と呼び、集合する時に相手を見分ける性質を「分子認識」と呼びます。このような基本となる２つの性質を利用した化学は、その昔「積み木の化学」と喩えられ、現在は「超分子化学」として、ボトムアップ型のナノサイエンス、ナノテクノロジーを利用した新たな機能性材料やデバイスの開発に役立てられています。